結論からいうと「九州本土」です．
よく言われる，「局達が徹底しなかった＝本省としてはJR6を沖縄限定で割り当てるつもりだったが，九州電監が九州本土に使ってしまった」というのは，ガセネタです．
CQ誌1972年6月号pp.188-192に「JR6になった沖縄のハム」として，復帰直後の現地と郵政省とを取材した結果の記事があります． ここではすでに次のように記述されています：
そして空白の２文字については割当なし，JR6AAA～JR6QQZまでについては，現在のところ九州電波監理局管内のアマチュア局に割当られる模様です．
――ということで，本省の意向は当初から「九州本土」でした．